Neveřejná část, která je umístěna v "bootovací sekci FLASH paměti", je vypálena výrobcem a po vypálení ji již nelze ani přečíst ani změnit-lze ji pouze smazat. Musí být proto univerzální pro všechny další verze firmwaru. Obsahuje proto všechen potřebný software pro komunikaci s PC, pro vypalování aplikační části paměti FLASH a řadu dalších funkcí, u nichž je jisté, že se jich další vývoj již nedotkne.
Soubory obsahující firmwarové upgrady jsou zveřejňovány výrobcem ve standardním "INTEL hex formátu" na www.yorix.cz. Název souboru je vždy ve tvaru "Greenbono<verze>_upg.hex".
Regulátory GreenBonO mají firmware rozdělený na veřejnou a neveřejnou sekci teprve od verze 2.001 (červen 2011), proto upgrade firmwaru je možný pouze pro regulátory s firmwarem od této verze.
Starší přístroje lze do "dvojkové řady" samozřejmě plnohodnotně upravit také, pouze však přímo u výrobce.
Postup upgradu až do verze 2.006 je relativně komplikovaný, vyžaduje nouzový režim, a proto je popsán v samostatném dokumentu, který je ke stažení na www.yorix.cz.
Od verze 2.007 je postup podstatně jednodušší. V podstatě se zredukuje na otevření souboru s firmwarem a jeho následné odeslání do regulátoru.